L'etàpunica è rappresentata per Macomer esclusivamente per il suo toponimo, unica traccia sicura della presenza dei Cartaginesi. 

      Il periodo romano è documentato soprattutto dai miliari che indicano come Macomer fosse un importante nodo della rete viaria creata dai Romani. 

      Da questo periodo in poi la storia di Macomer si lega con quella degli altri centri dell'isola e si avvia ad assumere un ruolo importante soprattutto durante l'età dei giudicati. Fa parte del Giudicato di Torres ed è capoluogo della curatoria del Margine col nome di Makkumere o Makkumelis o Makkumeli. 

      Nel 1259, dopo la morte della giudicessa Adelasia de Torres, la curatoria passò al Giudicato di Arborea. 
Nel 1470, quando la Sardegna sembrava ormai avviata verso la completa soggezione alla sovranità aragonese, >scoppiò l'ultima ribellione. Ne fu protagonista Leonardo Alagon, marchese di Oristano. 

     Il 19 maggio 1478, a qualche chilometro da Macomer, si combattè la battagliadecisiva: le truppe del marchese di Oristano si batterono eroicamente ma furono sbaragliate. 
     Dopo la battaglia il Vicerè Carroz occupava il castello di Macomer sul quale sventolava il vessillo degli Arborea e dopo tre giorni lo distrusse. 
Iniziava così il dominio incontrastato delle corone iberiche. La incontrada del Margine diventava nuovamente feudo della contea di Oliva.
 

     In stile aragonese fu edificata la Chiesa di S. Pantaleo, risalente al XIV secolo.Il suo campanile fu eretto alla fine del XVI secolo da Michele Puic, picapedreri di Bolotana; all'inizio del XVII secolo furono invece risistemate la facciata e la cappella di S. Giovanni.

nbsp;      Nel XVIII secolo Macomer divenne capoluogo del Marchesato del Marghine, soggetto alla Corona dei Savoia che aveva requisito tutti i feudi spagnoli.

      Nel 1790 esplosero nel Marghine i primi moti antifeudali culminati nel 1796 con la rivolta antiangioina che videro ancora una volta Macomer coinvolta in saccheggi e violenze che condizionarono negativamente la missione dell'Angioy, inviato comeAlternos ,dal Vicere per sedare i tumulti ed indurre i feudatari a pagare i tributi.

     L' '800 e la prima metà del '900 furono gli anni che videro avviarsi e consolidarsi lo sviluppo economico di Macomer, legato alla costruzione della Carlo Felice prima, avviata nel 1810, e della Ferrovia poi, tra il 1862 e il 1881, progettata dall'ingegnere gallese Benjamin Piercy.

       Uno spaccato della società macomerese dell' '800 è riscontrabile nei versi del suo più importante poeta dialettale Melchiorre Murenu, analfabeta e cieco, ma dotato di una memoria prodigiosa, arguto e pungente. 
Il tono spesso offensivo dei suoi versi gli attirò odi e rancori tanto che nel 1854, per ordine di alcuni potenti del paese, fu ucciso a soli 51 anni, gettato dal dirupo di S. Croce.

       Con l'avvio del XX secolo, Macomer, grazie alla posizione geografica, alla bontà dei suoi pascoli e all'intraprendenza di alcuni industriali, divenne uno dei centri più importanti dell'industria casearia sarda.

nbsp;      Nel 1905 veniva avviato il caseificio Albano che esportava il "pecorino romano" ed il "fiore sardo" negli Stati Uniti e nel Canada. 
Altri stabilimenti furono impiantati in seguito da altri industriali, Dal masso, Salmon, Di Trani..... incrementando fortemente l'economia locale e lo sviluppo demografico.

       La crescita economica fu però interrotta dall'avvento del fascismo che, dopo un tentativo di avvio di una politica di bonifica e miglioramento, al contrario trascinò la Sardegna nella miseria più nera, costringendo i suoi abitanti ad una mera economia di sussistenza.

       Il 20 maggio 1943, alle ore tredici, Macomer fu bombardata. Le bombe caddero fra le due stazioni, alcune case furono distrutte e rimasero uccise quattro persone.

     Da dopo la guerra sino ad oggi, tra alti e bassi, è iniziata la ripresa economica, sociale e culturale.